El Gran Daimio de los clanes ninja ha muerto misteriosamente, tal como le ocurrió a su antecesor, el antecesor de su antecesor y así hasta tiempos inmemoriales.
Para ocupar su lugar y servir al Shogun los Daimios de cada clan han comenzado ya el proceso de elección.
Si queréis ser el nuevo Gran Daimio tenéis que ser el último superviviente. En Shinobi, los jugadores van a a encarnar a un grupo de ninjas con diferentes habilidades en el uso de diferentes armas. Bienvenidos a Japón. Bienvenidos a la noche. Y sobretodo, bienvenidos a las mentiras y engaños, ya que deberemos valernos de la mentira y el faroleo para no ser el clan perdedor y ganar así a los rivales.